Wan Khair-il Anuar telah mendapat pendidikan awal di Sekolah Kebangsaan Clifford, Kuala Kangsar dari tahun 1967 hingga 1972. Semasa pendidikan menengah, beliau telah menuntut di tiga buah sekolah yang berbeza antaranya, Sekolah Menengah Clifford, Sekolah Menengah Anderson di Perak dan Sekolah Sains Sungai Petani di Kedah.[1]

Dengan pencapaian cemerlang semasa pendidikan menengah, Wan Khair-il Anuar telah ditawarkan biasiswa kerajaan untuk melanjutkan pelajaran dalam bidang seni bina di luar negara. beliau telah diterima masuk ke Universiti Kingston di mana beliau telah menamatkan pengajian dan dianugerahkan Sarjana Muda (BA) dalam Seni Bina (Kepujian) dan Sarjana (Master) dalam Seni Bina.[2]